レポート課題6 ゲノム配列の管理

オブジェクトと、データ構造をふんだんに使う演習です。配布資料から若干変更がありますので注意。

• レポート課題5のGenomeSequenceクラスを、配列に名前をつけられるように拡張せよ。

• 複数のGenomeSequenceを内部に保存するクラス SequenceContainerを作成せよ。
• SequenceContainerには、特定の名前の配列を取り出す

public GenomeSequence find(String sequenceName) { ... }

というメソッドを実装せよ。内部に保持しているGenomeSequenceのリストの全探索による実装は不可。

• SequenceContainerから、配列名の辞書順にGenomeSequenceを並べ替えるメソッドorderBySequenceName()を作成せよ。
• SequenceContainer内のGenomeSequenceを、配列の長さ順に並び替えるメソッドorderBySequenceLength()を作成せよ。
• ただし、長さが等しい配列は、配列名の辞書順に並べること

• 上記のメソッドが正しく実装できていると、SequenceContainerTestのJUnitテストをパスできる

作成したプログラムはソースコード（テストコードを含む）Jarファイルの形にして投稿すること。

public class GenomeSequence {
   private Strign name;
   private String sequence;

   public GenomeSequence(String name, String sequence) {
      this.name = name;    
      this.sequence = sequence;
   }

   public String getSequence() {  
      return sequence;
   }

   public String getName() {  
      return name;
   }
  (以下、省略)
}

// GenomeSequenceを保持するためのコンテナ
public class SequenceContainer {

　 // GenomeSequenceを追加
   public void add(GenomeSequence seq) {
     // TODO 実装 
   }  
　 // nameと一致するGenomeSequenceを検索
   public GenomeSequence find(String sequenceName) {
     // TODO 実装 
   }  

   public List<GenomeSequence> orderBySequenceName() {
     // TODO 実装 
   }

   public List<GenomeSequence> orderBySequenceLength() {
     // TODO 実装 
   }
}

このJUnitテストコードが動作すればよい

import static org.junit.Assert.*;

import java.util.List;

import org.junit.Before;
import org.junit.Test;


public class SequenceContainerTest {

	private SequenceContainer sequenceContainer;

	@Before
	public void setUp()
	{
		// 各テストを実行するまえに、必ずこのメソッドが１度呼ばれる
		sequenceContainer = new SequenceContainer();
		sequenceContainer.add(new GenomeSequence("seq0001", "AATTGG"));
		sequenceContainer.add(new GenomeSequence("seq0003", "TAG"));
		sequenceContainer.add(new GenomeSequence("seq0002", "CCGGGCC"));
		sequenceContainer.add(new GenomeSequence("seq0010", "CGTTT"));
		sequenceContainer.add(new GenomeSequence("seq000A", "ACGTT"));
	}

	@Test
	public void testFind() {
		GenomeSequence s1 = sequenceContainer.find("seq0001");
		assertNotNull(s1);
		assertEquals("seq0001", s1.getName());
		assertEquals("AATTGG", s1.getSequence());
		
		GenomeSequence s2 = sequenceContainer.find("seq0002");
		assertNotNull(s2);
		assertEquals("seq0002", s2.getName());
		assertEquals("CCGGGCC", s2.getSequence());

		GenomeSequence s3 = sequenceContainer.find("seqABCD");
		assertNull(s3);
		
	}
	
	@Test
	public void testOrderBySequenceName()
	{
		List<GenomeSequence> orderedSequence = sequenceContainer.orderBySequenceName();
		assertEquals(5, orderedSequence.size());
		String[] answerList = {"seq0001", "seq0002", "seq0003", "seq000A", "seq0010"};
		int index = 0;
		for(String sequenceName : answerList)
			assertEquals(sequenceName, orderedSequence.get(index++).getName());
	}

	@Test
	public void testOrderBySequenceLength()
	{
		List<GenomeSequence> orderedSequence = sequenceContainer.orderBySequenceLength();
		assertEquals(5, orderedSequence.size());
		
		// 配列の長さが同じときは、配列名の辞書順に並べること
		String[] answerList = {"seq0003", "seq000A", "seq0010", "seq0001", "seq0002"};
		int index = 0;
		for(String sequenceName : answerList)
			assertEquals(sequenceName, orderedSequence.get(index++).getName());
	}

}